Depuis 2014, un plan d'action franco-suisse est mis en oeuvre pour améliorer la qualité des eaux du Doubs. Certaines mesures sont devenues réalité, comme la renaturalisation de cinq affluents de la rivière, la réduction de l'impact des éclusées, ou encore la rénovation de la STEP de Saignelégier. Mais il reste encore beaucoup à faire. Les STEP du Locle et de La Chaux-de-Fonds devront attendre 2020 pour traiter les micropolluants. Et selon Pro Natura, l'apron continue de mourir, à cause de la pollution agricole et des activités hydroélectriques.