Depuis plusieurs année, l'Office de l'Environnement du canton du Jura observe une pollution plus importante dans l'Allaine, par rapport aux autres cours d'eau jurassiens. En cause: le faible débit de la rivière et le grand nombre de personnes raccordées à la STEP de Porrentruy qui déverse ses eaux traitées dans la rivière. Mais les nouveaux traitements par ozonation, mis en place à la STEP en 2020, montrent déjà des résultats encourageants.